主人公、緒図薫の叔母を名乗る人物から届いたとある学園への入学案内。それを見た彼は、進学に悩んでいたこともあって入学を決めたのだった。
単身で学園のある町にやってきた薫は、入寮した先でそこが女子学園であることを知る。学園長の催馬楽から名前が薫だったために女子と間違えたといわれたがそれはもう後の祭り…。
薫は勧められるまま、しかたなく学園に通うことに。
学園長は4人の少女を薫の身のまわりの世話役として紹介する。
その名も黒髪少女隊。
その一方で学園の秩序を重んじる紅牡丹会に目をつけられたりしてもう大変な学園生活が始まるのだった!